《原子之心》是一款玩起来一言难尽，但画面与设定都非常引人入胜的游戏。本作的剧情充斥着大量背叛、阴谋、科幻、猎奇等内容，很多玩家就像游戏中永远困惑的主角一样，就算通关了也不明所以。因此，我在这里来解释一下游戏中所有的核心事件。笔者不会逐一介绍每一个章节的剧情，只会介绍关键故事和“大转折”，专注于游戏中不清楚、模棱两可和令人头疼的时刻，帮助你更清楚地了解这一切。
主角和他老婆
游戏背景及主要人物故事发生在五十年代平行世界中的苏联，这个世界的苏联非常繁荣，并且在一种名为“聚合物”的神秘化合物帮助下掌握了先进的机器人技术，主人公谢尔盖·涅恰耶夫少校（又名“P3”）是一名特工，奉命前往科学研究所 3826 号设施，去处理一件灾难性事故。
游戏从一个壮观的庆典开始，人们聚集在一起庆祝大集体2.0推出，这是一个神经网络，旨在让人类更好地控制机器人，并进一步提高体力劳动的自动化，为人类留下更多时间追求他们想要的任何创造性或学术追求。
但在庆祝活动中，灾难发生了：机器人出现故障，并开始疯狂地在3826号设施周围杀人。P3会见了他视为养父的上司德米特里·谢切诺夫同志。谢切诺夫发现了聚合物，后来找到了一种将之注入人体的方法，使人类能够用他们的思想力量控制机器人，并立即学习大量信息（这被称为大集体1.0）。
谢切诺夫
谢切诺夫要求P3追踪并取回一个名叫维克多·彼得罗夫的人的头。因为彼得罗夫是大集体的首席工程师，正是他导致机器人出现故障并开始杀人。P3最终得到了彼得罗夫的头，但这其实是彼得罗夫自导自演，为的是可以争取一些时间让世界知道3826号设施的事件，以及揭穿他所认为的谢切诺夫的阴谋。
彼得罗夫
由于迫切希望得到机器人灾难的消息，苏联政府派叶夫根尼·莫洛托夫和一队警卫去了解到底发生了什么。在与莫洛托夫会面后，P3在昏迷中进入了一个奇怪的梦境，然后醒来发现谢切诺夫站在他身边，并且莫洛托夫和他的警卫死了。谢切诺夫和他的双胞胎机器人保镖（舞伶）将莫洛托夫的身体浸入一桶红色聚合物中，将其分解。
莫洛托夫
这种物质不仅有利于尸体处理，而且它还有一个额外的好处，即能够保存人的意识，使谢切诺夫能够访问其知识或将其与技术相结合。这就是P3的AI手套查尔斯的由来，后来我们会了解到，查尔斯实际上是谢切诺夫的科学家同事查理顿·扎哈罗夫的保存意识，他在神秘的情况下死亡。
查尔斯=扎哈罗夫
游戏中的各种阴谋与背叛从以上来看，谢切诺夫的看起来是一个坏逼，但这并不是故事的全部。
与此同时，查尔斯开始挑唆P3怀疑谢切诺夫真实意图的怀疑。他透露，大集体2.0不会像P3天真地认为的那样“让每个人都平等”，实际上将根据Alpha，Beta和Gamma连接器来划分权力等级。只有谢切诺夫可以访问alpha连接器，这使他对网络的控制比其他任何人都更高。查尔斯说服P3扔掉beta连接器环，声称如果它们落入坏人之手，将会产生灾难性的后果。
beta连接器其实是P3和他的妻子兼特工卡佳的结婚戒指，他们在第二次世界大战期间受到重伤几近死亡，谢切诺夫通过一些手段救活了两人，并且似乎希望这两个人成为系统的“执行者”。谢切诺夫表示将在大集体2.0建立后销毁alpha连接器（毕竟，确实需要有人监督整个事情的设置），这样每个人都在系统中确实变得平等。
最终，P3在一家剧院找到了彼得罗夫，在那里，疯狂的彼得罗夫透露了谢切诺夫的真实计划，原来谢切诺夫与苏联政府的真正目的是利用机器人制定一种叫做原子之心的计划：苏联将机器人出售给美国，然后激活其秘密内置的战斗模式，从内部摧毁这个国家。
这就解释了为什么莫洛托夫如此迫切地希望灾难的消息被压制，因为如果这件事传到西方，那么原子之心计划就会被毁掉。虽然彼得罗夫确实引起了3826号设施的机器人灾难，但首先是谢切诺夫将战斗模式构建到看似民用的机器人中。
但P3不容易被说服，他继续为谢切诺夫工作，取回了彼得罗夫的头，谢切诺夫使用其中包含的信息禁用了机器人的战斗模式。
除了战斗机器人还有精神控制之后彼得罗夫的女朋友拉里莎医生（奇怪的是，她对男朋友被斩首不以为然）带你乘坐灯塔内的秘密电梯前往一个水下设施（配有类似于生化奇兵开场序列的音乐）。这个地方像是噩梦般的监狱。那些没有死的人被困在一个叫做灵薄狱的清醒梦幻状态中（P3在莫洛托夫死前经历过）。
在此处，P3了解到一种可以将人意识送入灵薄狱的植入物，同时身体会变成杀人机器的旭日装置，也整合到了大集体2.0中。与原子心脏计划一起，这种精神控制植入物是大集体2.0的另一个秘密方面，使谢切诺夫看起来更加邪恶。正是在这一点上，可以推断出是处于不确定状态的P3杀死了莫洛托夫和他的警卫，不久之后，P3再次进入灵薄狱并杀死了拉里萨。
然而，我们最终会发现，实际上是谢切诺夫的科学家同事查理顿·扎哈罗夫发明了这类精神控制，而且正是扎哈罗夫（以P3的手套查尔斯的形式）控制了P3进入灵薄狱。正如我们最后发现的那样，查尔斯自己的动机，远比谢切诺夫的动机更邪恶。
后面是主角的丈母娘季娜婆婆，在DLC中是个坏逼
在发现大集体2.0的“真实”性质后，P3遇到了自己的丈母娘季娜婆婆，她是一个退休的秘密特工，在整个游戏中断断续续地出现过几次。季娜婆婆和查尔斯两人早就认识，并且两人不停挑拨主角P3去干谢切诺夫，此时玩家可以选择干不干，这将导致两种不同的结局。
假结局：杀死谢切诺夫选择“杀死谢切诺夫”，你将与双胞胎舞伶进行最后的战斗。在这个结局中，愤怒的P3认为谢切诺夫一直在操纵他，向谢切诺夫的腹部开枪。发生这种情况的那一刻，谢切诺夫告诉P3，实际上是他的手套查尔斯一直在操纵他。
查尔斯实际上是查理顿·扎哈罗夫保存下来的意识，他是一位“厌恶人类”的科学家，与谢切诺夫一起从事聚合物研究。谢切诺夫杀了扎哈罗夫，然后将他的意识放入P3手中的植入物中，以“帮助他执行任务”。为什么谢切诺夫会把扎哈罗夫放在这样的位置上，游戏中没给解释，可能谢切诺夫真是个善人，不想真的杀人。
随着真相大白，查尔斯对P3发动电击，使他瘫痪，然后查尔斯以一团聚合物粘液的形式逃离了手套，爬进附近的红色聚合物桶内，红色聚合物可以通过吸收现有的生命形式来创造新的生命形式，并以人形出现，并且表示自己厌恶人类要创造新世界。
查尔斯随后杀死了谢切诺夫，并将P3送回灵薄狱，在那里他与看起来像机器人双胞胎之一的舞伶团聚，P3妻子的意识被保存在这个机器人中。然后画外音，说“神经聚合物物体”吃了谢切诺夫，并且没有谢切诺夫，查里顿或P3的痕迹。
真结局：不杀谢切诺夫根据游戏最新的DLC，最新的剧情是跟着这个“好”结局走的，主角做出了正确的决定，这个反转让很多玩家意想不到。
手撕查尔斯
当你选择不干谢切诺夫，P3会大声咆哮，说他已经受够了被所有人利用，并且提出了一些相关的问题，比如为什么谢切诺夫没有使用P3头部的植入物将他困在灵薄狱中（看到P3正要杀死他），并指出能够将人们送入灵薄狱的精神控制植入物是扎哈罗夫的主意，也许他才是真正的反派。接着他从手中撕下查尔斯，然后自己离开设施跑了。这个结局不会和最终BOSS对战，也没有面对谢切诺夫，并且消灭了想要毁灭人类的查尔斯。
DLC湮灭本能的剧情就是接的跑路结局，主角把查尔斯扯出来后，就到了酒店喝酒买醉，谢切诺夫那边也成功接入大集体2.0网络了，全世界很多人都加入了。
正当此时，著名的“魅魔冰箱”诺拉失控，她不想接入大集体，杀了很多人，唯独留着男主想和他过二人世界。于是P3遇到了发明诺拉的老头，然后得知彼得罗夫之前试图控制诺拉，结果他的能力不行，反而让诺拉的心智模块受损了，就变成了现在这种魅魔冰箱。
老头得知这边诺拉出问题立马赶了过来，因为诺拉封锁了远程接口，老头又不是战斗人员，于是准备用机器人一起去地下那边重启诺拉，结果丈母娘来了一波控制给机器人全叛变了，老头只能让球型连体机器人自主模式到处跑，是的，DLC就是到处去找这些家伙，打爆之后塞到一个装置里回收，最后用于重启诺拉。
主角收集齐了之后准备修复诺拉，但是诺拉说了一套说辞，意思是修复之后我存着的你老婆的记忆也会消失，你老婆就是给谢切诺夫害死的，第一份聚合物就是用的活人大脑，巴拉巴拉反正就是让主角觉得被骗了，主角就回去找老头对峙，好消息是老头知道说不清，直接給谢切诺夫打了电话，让他和男主自己说去。
然后俩人光速对峙，解除误会。然后主角去修复诺拉，结果丈母娘开着她那飞屋过来骂P3叛徒。再次来到诺拉那边，诺拉释放了冲击波攻击主角，就在P3快要嗝屁之际，谢切诺夫派来双胞胎救了P3，谢切诺夫还说：“孩子，你怎么一个人就来了，应该等支援呀，舞伶会帮你抵挡冲击波。”然后经过一番战斗，诺拉成功被修复，接入大集体网络，但是说话还是有种那味。
最后舞伶拿出飞机钥匙給P3，P3直接说出老婆名字：“谢谢卡佳”，舞伶疑惑的问他什么意思，这段舞伶一直握着P3的手。结果诺拉说了个主人，舞伶直接把手抽走，最后主角向谢切诺夫申请了个无限期休假，坐着飞机走了，丈母娘开着飞屋紧跟其后，DLC剧情结束。
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